Auf der Grundlage seines christlichen Glaubens setzte er sich überall für eine neue Erziehung der Kinder und Jugend und für den Frieden in der Welt ein. Sein Wirken hinterließ Spuren nicht nur in der tschechischen Heimat, sondern auch in Deutschland, Polen, Ungarn, Schweden, England und in den Niederlanden.
Als erster Europäer forderte J. A. Comenius schulische Bildung für alle Menschen. Am bekanntesten ist Comenius wegen seiner Beiträge zu Didaktik und Methodik, die zusammen mit seinen Prinzipien der Erziehung in "Didacta magna" (1628 - 1632) enthalten sind. Er war der Erste, der die alten Sprachen mit Hilfe paralleler Textstellen der antiken und modernen Sprachen lehrte. Sein Werk "Orbis sensualium pictus" (1658, Nachdruck 1979), ein Lehrbuch für Latein, war das erste illustrierte Unterrichtsbuch für Kinder. Comenius betonte stets, wie förderlich es für den Erziehungsprozess sei, wenn man die Interessen der Schüler anrege und sich beim Lehren auf konkrete Dinge und nicht nur auf deren Beschreibungen beziehe.
 
Trotz der Gräuel des Krieges, der Mitteleuropa verwüstete, resignierte Comenius nicht. Statt dessen wollte er neue Generationen vom Evangelium her so erziehen, dass sie den Willen Gottes zum Frieden in der Welt Gestalt geben könnten. Sein berühmtes Alterswerk, sein Vermächtnis an uns trägt den Titel: „Allgemeine Beratung über die Verbesserung der menschlichen Dinge“.

Lehrmethode - christusgemäß
Christus selbst hat seinen Boten, als er sie zu den Völkern aussandte zu lehren, aufgetragen, nicht zu schelten. Lehren heißt Führen, von der bekannten Sache zur unbekannten, und Führen ist eine linde, keine gewaltsame Tätigkeit, sie ist voller Liebe und keineswegs Hass. Wenn ich nämlich jemand führen möchte, dann treibe ich ihn nicht, dann stoße ich ihn nicht, dann wälze ich ihn nicht auf der Erde herum und zerre ihn nicht, sondern nehme ihn sacht bei der Hand und gehe mit ihm, oder ich schreite auf freier Bahn vor ihm her und lade ihn ein, mir zu folgen
De rerum humanarum emendatione consultatio catholica (allgemeine

Beratung über die Verbesserung der menschlichen Dinge), Vorrede, 33
 
 
Um seine Ziele zu erreichen forderte er:

 Die allgemeine Schulpflicht für alle Kinder 
 Die Muttersprache als Unterrichtssprache 
 Die Veranschaulichung der Unterrichtsinhalte durch Bilder 
 Ein naturgemäßes Lernen unter Berücksichtigung des individuellen Entwicklungs- und Leistungsstandes und der Bedürfnisse der Kinder 
 Ein stufenweises Lernen (vom Nahen zum Fernen, vom Einfachen zum Komplizierten, vom Anschaulichen zum Abstrakten) 
 Die Einteilung der Schüler in Lerngruppen 
 Ein aufeinander aufbauendes 4 stufiges Schulsystem 

Wichtig war für ihn, dass die Schüler/-innen

 Lesen und schreiben lernten 
 Die Natur kennen lernten 
 Beim Lernen alle Sinne einsetzten 
 Statt nur auswendig zu lernen auch selbständig arbeiteten 
 Sich in der Welt zurecht fanden 

Dazu brauchten die Schüler/-innen Lehrer/-innen, die

 Freundlich waren 
 Zuhören konnten 
 Lobten, halfen und ermutigten
 Kinder auch kindgemäß behandelten